Het Bonnefanten College is een brede school. Je kunt hier aanmelden met alle schooladviezen.
In de onderbouw werken we in leerjaar 1 en 2 met zogenaamde dakpanklassen in 3 niveau kolommen. Namelijk niveau Basis-Kader, niveau GTH (TL-HAVO) en niveau HV (HAVO-VWO). In deze dakpanklassen wordt de leerling geplaatst op basis van het schooladvies. Aan het einde van leerjaar 2 gaat de leerling in leerjaar 3 op het meest passende eindniveau verder. Wanneer mogelijk proberen we in de dakpanklassen zoveel mogelijk leerlingen van hetzelfde schooladvies bij elkaar in de klas te plaatsen.